中國俄羅斯東正教傳教團在大斎期與復活節期間一般都會派遣司祭到中國的偏遠地區，那些地區的俄羅斯僑民沒有東正教堂。1933年，傳教團主管維克托（斯維亞金）主教派遣在北平侍奉的司祭迪米特里•烏斯賓斯基來到有眾多俄羅斯移民居住的香港。他們大部分為英國公司工作且是英國公民。
當迪米特里神父抵達香港後，他取得了聖公會聖安德烈堂主任牧師（堂長的允許，在那里舉行禮儀。他在首次的中國南方之行時還拜訪了廈門、廣州、澳門和馬尼拉。當迪米特里神父返回北平後，他提出了在中國南方建立家庭教會的問題。住在香港的俄羅斯移民向維克托主教提出了準許迪米特里神父在香港侍奉的請求。
迪米特里•烏斯賓斯基神父與澳門聖三一教堂信徒在一起
遵照1934年7月10日由傳教團主管簽署的第37號命令，在廣州（“眾哀傷者之歡樂”聖母像教堂）、澳門（聖三一教堂）、和馬尼拉（伊維爾聖母像教堂）分別開設了教堂。迪米特里神父被委派牧養它們，領導屬於北平主教區的香港督牧區和香港聖彼得聖保羅教堂。
澳門的聖三一教堂
1935年3月17日，司祭葉甫蓋尼•盧切夫被任命為廣州教堂負責人；2月7日大司祭米哈伊爾•業羅欣被任命為馬尼拉堂區負責人。1937年4月，迪米特里•烏斯賓斯基神父在廈門聖化了顯靈聖跡者聖尼古拉祈禱所。
迪米特里神父前往菲律賓的簽證
侍奉聖禮在聖公會的教堂裏舉行直到中間道8號的祈禱所開放。教會社區組織了女教友教堂裝飾和教育活動小組、慈善基金會、教堂建設基金會和業余合唱團。1940年代初，社區打算蓋一所永久性的教堂。設計圖已經準備好了，但戰爭成為了建造教堂的阻礙。許多英國人和俄國人成為了日本戰俘營中的戰俘。迪米特里神父在困難時期努力地保證堂區的安全。
很快，二戰結束後，香港堂區搬遷到了位於九龍塘的雅息士道12號的新地址。1945年中國俄羅斯傳教團接受了莫斯科牧首區的管轄，香港亦然。然而那時在香港居住的來自中國北方的俄羅斯難民并不認同堂區的這一決定，他們等待著前往澳大利亞、巴西、加拿大等國家的許可。他們有一段時間在聖公會的教堂裡祈禱，之後請求迪米特里神父允許他們將聖像壁置於聖彼得聖保羅堂區的車庫中。盡管如此，他們并沒有成為迪米特里神父堂區的成員。1949年至1959年香港存在了大俄海外東正教會(俄羅斯域外東正教會)管轄的堂區，其掌院（堂長）是中國神職大司祭伊利亞（以利亞）·文子正該堂區在香港沒有合法地位，因此洗禮、婚禮和葬禮都在聖彼得聖堡羅堂區進行。
1945至1946年期間，大部分的難民離開了香港。許多聖彼得聖保羅堂區的老教民也離開了這座城市，因此建教堂的計劃也就無從談起了。除了聖彼得聖保羅堂區外，督牧區的所有教堂都關閉了，而在菲律賓馬尼拉的雄偉的座堂被戰爭中的日軍炮火摧毀了。1949年在中國發生的革命事件給香港堂區帶來新的問題。與北京傳教團負責人及主教的聯繫中斷了。
1955年9月25日，在中國自治東正教會成立前夕，大司祭迪米特里•烏斯賓斯基向北京的大主教維克托寫到：“在上帝的幫助下，我們已經把我們的事業堅持到了現在，雖然堂區人數由300-350人減少到了85人，包括婦女和兒童……當然，我們擔憂位於英國殖民地內的我們堂區的命運……很難說新的教區歸屬是否將對我們有利。但維持香港堂區是必要的，雖然它很小且位於英國殖民地。”俄羅斯東正教神聖主教公會將香港堂區劃入東亞督主教區北京主教區，但在那之後不久中國俄羅斯傳教團就關閉了，府主教區也被廢除了。
大主教維克托（斯維亞金）離開了中國，但沒有給香港堂區任何歸屬權的指示。東正教在中國大陸現在轉由中國神父管理。根據留在香港的俄羅斯人的講述，中國神職人員對俄羅斯神職人員的態度是不公平的。堂區教民拒絕將堂區交給上海主教西蒙（杜）或北京主教瓦西里（姚）。迪米特里神父建議堂區教民向莫斯科提出申請，但他們反對與莫斯科有任何的聯系，雖然它們在形式上歸屬莫斯科。之所以會形成這種僵持不下的局面，很大程度是因為維克托主教甚至沒有通知迪米特里神父，就徹底離開了中國返回了莫斯科。
1968年初香港堂區開始面臨關閉。他已經再沒有力氣主持聖體禮儀了，迪米特里神父打算向阿列克謝宗主教提交了退休報告。但堂區教民們不希望見到由莫斯科任命的新司祭，并懇求迪米特里神父留下擔任他們的神父，哪怕只是給他們做懺悔和給予精神指導。1968年2月17日的堂區日常會議決定不向莫斯科提出申請。
1968年底發生了堂區生活中的重要事件：11月27-28日，前往東京訪問的扎賴斯克的尤維納利（波亞爾科夫）主教順道訪問香港。那時的迪米特里神父已經臥床不起，主教到訪的時候他穿戴整齊的拿著十字架在教堂門口迎接。盡管十余年間莫斯科教會當局與香港堂區沒有任何聯系，但在莫斯科的教會的聖統制沒有忘記迪米特里神父。尤維納利座下授予了他胸掛十字架。11月28日尤維納利座下在聖彼得聖堡羅教堂舉行了聖體禮儀——這是香港自1945年以來第一次由主教主持侍奉。（那時由上海的伊望（馬克西莫維奇）座下主持了侍奉）。
迪米特里神父的健康狀況惡化了。1970年1月17日8時40分，他歸主了。至聖阿列克謝宗主教、都主教尼柯迪姆和都主教尤維納利都向香港發來了唁電給堂區的孤兒們。承蒙阿列克謝宗主教的祝福，迪米特里神父的葬禮在香港由波多爾斯克的格爾摩根主教和來自東京的阿爾卡季·特休克大司祭主持。迪米特里·烏斯賓斯基神父在聖體禮儀結束後被埋葬在天主教墳場，他墓穴邊上埋葬著他的妻子與女兒。
迪米特里神父的去世，將香港聖彼得聖堡羅堂區必須解決的關於繼續存在的形式問題擺上了臺面：保留堂區，是否邀請來自其它國家的司祭，購買教堂房產還是租用場地來保存堂區用具。1970年6月7日，在教會日常會議上決定了由於缺乏教會日常維護開支而關閉教堂。決定了將教堂大部分重要的用具運去澳洲。36席中24票反對（12票棄權）向莫斯科總主教區尋求財政援助，莫斯科也沒有計劃向堂區提供支援和派遣新司祭。
聖彼得聖堡羅教堂一直開放到1970年9月，以便俄羅斯東正教會委員會在香港的代理人格奧爾基·加夫里沃夫確定將資金及教會用具轉移到至澳洲的事宜。在香港36年的東正教堂區就此關閉。
70年代末期，香港當局因建設新的道路而要取消部分外國公墓。迪米特里神父的墓穴位於拆遷的部分。他的女兒阿德萊德·迪米特里耶夫娜·佛格特得知該消息後，致函給香港總督請求允許將迪米特里神父移葬。港英當局保存了迪米特里神父及其家人的墓穴，并將它們遷至靠近舊墳場教堂的位置。那兒到現在還舉行薦度儀軌以紀念迪米特里·烏斯賓斯基神父。
在三十年的中斷後，莫斯科宗主教區決定恢復聖彼得聖保羅堂區的活動。為此，2003年夏莫斯科宗主教區外聯局派遣了司祭迪奧尼西（遲秋農）前往香港，負責處理當地東正教事務。
由於沒有自己的場地，承蒙聖使徒路加堂區堂長尼基塔都主教（君士坦丁堡宗主教區）的祝福，第一年在其場地進行禮拜。
2004年聖彼得聖保羅堂區在皇后大道東租用場地開始定期禮拜。由於多元化的群體，侍奉禮儀使用三種語言：教會斯拉夫語、華語和英語。
2006年起，中華諸聖昆仲會（美國）的分支在堂區開始運作，該會副總裁為大司祭（遲秋農）。
2007年堂區成立了俄羅斯語言中心，其項目包括對外俄語和對內俄語教學。
2008年1月作為恢復的新堂區與1972年關閉的老堂區之間的繼承關系之標志，澳大利亞歸還了使徒之長聖彼得、聖保羅的聖像。墨爾本聖三一教堂堂區的堂長伊戈爾•費良諾夫斯基將其帶回并轉交。
2008年10月6日俄羅斯東正教會主教公會做出了正式恢復聖彼得聖保羅堂區的決定。莫斯科宗主教區外聯局的大司祭（遲秋農）被任命為其堂長。
2010年9月，堂區租用場地變遷至皇后大道西2號。
2012年12月，堂區在東正教傳教團在華成立三百年之際組織了慶祝活動。慶祝活動由來自伯力的比金主教艾弗冷（普羅夏諾克）主持。
2014年創辦了第一家中文東正教出版社：“中華正教出版社”，這是堂區生活中的重要事件。
2014年12月，聖彼得聖保羅教堂教民安納托利•龔長明被敘聖為輔祭，之後成為司祭。神品機密在伯力由伯力與阿穆爾邊疆區都主教伊格納提完成。安納托利神父成為了東正教歷史上第一位香港籍司祭。
自2016年7月起，聖彼得聖保羅教堂遷至德輔道西32號的永久性新址。
