中国俄罗斯东正教传教团在大斎期与复活节期间一般都会派遣司祭到中国的偏远地区，那些地区的俄罗斯侨民没有东正教堂1933年，传教团主管维克托（斯维亚金）主教派遣在北平侍奉的司祭迪米特里•乌斯宾斯基来到有众多俄罗斯移民居住的香港，他们大部分为英国公司工作且是英国公民。
当迪米特里神父抵达香港后，他取得了圣公会圣安德烈堂主任牧师（堂长的允许，在那里举行礼仪。他在首次的中国南方之行时还拜访了厦门，广州，澳门和马尼拉。当迪米特里神父返回北平后，他提出了在中国南方建立家庭教会的问题。住在香港的俄罗斯移民向维克托主教提出了准许迪米特里神父在香港侍奉的请求。
迪米特里•乌斯宾斯基神父与澳门圣三一教堂信徒在一起
遵照1934年年7月10日由传教团主管签署的第37号命令，在广州（“众哀伤者之欢乐”圣母像教堂），澳门（圣三一教堂），和马尼拉（伊维尔圣母像教堂）分别开设了教堂。迪米特里神父被委派牧养它们，领导属于北平主教区的香港督牧区和香港圣彼得圣保罗教堂。
澳门的圣三一教堂
1935年3月17日，司祭叶甫盖尼•卢切夫被任命为广州教堂负责人; 2月7日大司祭米哈伊尔•业罗欣被任命为马尼拉堂区负责人1937年4月，迪米特里•乌斯宾斯基神父在厦门圣化了显灵圣迹者圣尼古拉祈祷所。
迪米特里神父前往菲律宾的签证
侍奉圣礼在圣公会的教堂里举行直到中间道8号的祈祷所开放。教会社区组织了女教友教堂装饰和教育活动小组，慈善基金会，教堂建设基金会和业余合唱团1940年代初，社区打算盖一所永久性的教堂。设计图已经准备好了，但战争成为了建造教堂的阻碍。许多英国人和俄国人成为了日本战俘营中的战俘。迪米特里神父在困难时期努力地保证堂区的安全。
很快，二战结束后，香港堂区搬迁到了位于九龙塘的雅息士道12号的新地址。1945年年中国俄罗斯传教团接受了莫斯科牧首区的管辖，香港亦然。然而那时在香港居住的来自中国北方的俄罗斯难民并不认同堂区的这一决定，他们等待着前往澳大利亚，巴西，加拿大等国家的许可。他们有一段时间在圣公会的教堂里祈祷，之后请求迪米特里神父允许他们将圣像壁置于圣彼得圣保罗堂区的车库中。尽管如此，他们并没有成为迪米特里神父堂区的成员1949年至1959年香港存在了大俄海外东正教会（俄罗斯域外东正教会）管辖的堂区，其掌院（堂长）是中国神职大司祭伊利亚（以利亚）·文子正该堂区在香港没有合法地位，因此洗礼，婚礼和葬礼都在圣彼得圣堡罗堂区进行。
1945年至1946年期间，大部分的难民离开了香港。许多圣彼得圣保罗堂区的老教民也离开了这座城市，因此建教堂的计划也就无从谈起了。除了圣彼得圣保罗堂区外，督牧区的所有教堂都关闭了，而在菲律宾马尼拉的雄伟的座堂被战争中的日军炮火摧毁了。1949年年在中国发生的革命事件给香港堂区带来新的问题。与北京传教团负责人及主教的联系中断了。
1955年9月25日，在中国自治东正教会成立前夕，大司祭迪米特里•乌斯宾斯基向北京的大主教维克托写到：“在上帝的帮助下，我们已经把我们的事业坚持到了现在，虽然堂区人数由300～350人减少到了85人，包括妇女和儿童......当然，我们担忧位于英国殖民地内的我们堂区的命运......很难说新的教区归属是否将对我们有利。但维持香港堂区是必要的，虽然它很小且位于英国殖民地。“俄罗斯东正教神圣主教公会将香港堂区划入东亚督主教区北京主教区，但在那之后不久中国俄罗斯传教团就关闭了，府主教区也被废除了。
大主教维克托（斯维亚金）离开了中国，但没有给香港堂区任何归属权的指示。东正教在中国大陆现在转由中国神父管理。根据留在香港的俄罗斯人的讲述，中国神职人员对俄罗斯神职人员的态度是不公平的。堂区教民拒绝将堂区交给上海主教西蒙（杜）或北京主教瓦西里（姚）。迪米特里神父建议堂区教民向莫斯科提出申请，但他们反对与莫斯科有任何的联系，虽然它们在形式上归属莫斯科。之所以会形成这种僵持不下的局面，很大程度是因为维克托主教甚至没有通知迪米特里神父，就彻底离开了中国返回了莫斯科。
1968年初香港堂区开始面临关闭。他已经再没有力气主持圣体礼仪了，迪米特里神父打算向阿列克谢宗主教提交了退休报告。但堂区教民们不希望见到由莫斯科任命的新司祭，并恳求迪米特里神父留下担任他们的神父，哪怕只是给他们做忏悔和给予精神指导1968年2月17日的堂区日常会议决定不向莫斯科提出申请。
1968年年底发生了堂区生活中的重要事件：11月27-28日，前往东京访问的扎赖斯克的尤维纳利（波亚尔科夫）主教顺道访问香港那时的迪米特里神父已经卧床不起，主教到访的时候他穿戴整齐的拿着十字架在教堂门口迎接。尽管十余年间莫斯科教会当局与香港堂区没有任何联系，但在莫斯科的教会的圣统制没有忘记迪米特里神父尤维纳利座下授予了他胸挂十字架11月28日尤维纳利座下在圣彼得圣堡罗教堂举行了圣体礼仪 - 。这是香港自1945年年以来第一次由主教主持侍奉。（那时由上海的伊望（马克西莫维奇）座下主持了侍奉）。
迪米特里神父的健康状况恶化了。1970年年1月17日8时40分，他归主了。至圣阿列克谢宗主教，都主教尼柯迪姆和都主教尤维纳利都向香港发来了唁电给堂区的孤儿们。承蒙阿列克谢宗主教的祝福，迪米特里神父的葬礼在香港由波多尔斯克的格尔摩根主教和来自东京的阿尔卡季·特休克大司祭主持。迪米特里·乌斯宾斯基神父在圣体礼仪结束后被埋葬在天主教坟场，他墓穴边上埋葬着他的妻子与女儿。
迪米特里神父的去世，将香港圣彼得圣堡罗堂区必须解决的关于继续存在的形式问题摆上了台面：保留堂区，是否邀请来自其它国家的司祭，购买教堂房产还是租用场地来保存堂区用具1970年6月7日，在教会日常会议上决定了由于缺乏教会日常维护开支而关闭教堂，决定了将教堂大部分重要的用具运去澳洲0.36席中24票反对（12票弃权）向莫斯科总主教区寻求财政援助，莫斯科也没有计划向堂区提供支援和派遣新司祭。
圣彼得圣堡罗教堂一直开放到1970年9月，以便俄罗斯东正教会委员会在香港的代理人格奥尔基·加夫里沃夫确定将资金及教会用具转移到至澳洲的事宜。在香港36年的东正教堂区就此关闭。
70年代末期，香港当局因建设新的道路而要取消部分外国公墓。迪米特里神父的墓穴位于拆迁的部分。他的女儿阿德莱德·迪米特里耶夫娜·佛格特得知该消息后，致函给香港总督请求允许将迪米特里神父移葬。港英当局保存了迪米特里神父及其家人的墓穴，并将它们迁至靠近旧坟场教堂的位置。那儿到现在还举行荐度仪轨以纪念迪米特里·乌斯宾斯基神父。
在三十年的中断后，莫斯科宗主教区决定恢复圣彼得圣保罗堂区的活动。为此2003年夏莫斯科宗主教区外联局派遣了司祭迪奥尼西（迟秋农）前往香港，负责处理当地东正教事务。
由于没有自己的场地，承蒙圣使徒路加堂区堂长尼基塔都主教（君士坦丁堡宗主教区）的祝福，第一年在其场地进行礼拜。
2004年圣彼得圣保罗堂区在皇后大道东租用场地开始定期礼拜由于多元化的群体，侍奉礼仪使用三种语言：教会斯拉夫语，华语和英语。
2006年起，中华诸圣昆仲会（美国）的分支在堂区开始运作，该会副总裁为大司祭（迟秋农）。
2007年堂区成立了俄罗斯语言中心，其项目包括对外俄语和对内俄语教学。
2008年1月作为恢复的新堂区与1972年年关闭的老堂区之间的继承关系之标志，澳大利亚归还了使徒之长圣彼得，圣保罗的圣像。墨尔本圣三一教堂堂区的堂长伊戈尔•费良诺夫斯基将其带回并转交。
2008年10月6日俄罗斯东正教会主教公会做出了正式恢复圣彼得圣保罗堂区的决定。莫斯科宗主教区外联局的大司祭（迟秋农）被任命为其堂长。
2010年9月，堂区租用场地变迁至皇后大道西2号。
2012年12月，堂区在东正教传教团在华成立三百年之际组织了庆祝活动。庆祝活动由来自伯力的比金主教艾弗冷（普罗夏诺克）主持。
2014年创办了第一家中文东正教出版社“中华正教出版社”，这是堂区生活中的重要事件。
2014年12月，圣彼得圣保罗教堂教民安纳托利•龚长明被叙圣为辅祭，之后成为司祭。神品机密在伯力由伯力与阿穆尔边疆区都主教伊格纳提完成安纳托利。神父成为了东正教历史上第一位香港籍司祭。
自2016年年7月起，圣彼得圣保罗教堂迁至德辅道西32号的永久性新址。
